Podczas powstania styczniowego pełnił funkcję komisarza wojewódzkiego, za co został skazany na klika lat w głąb Rosji. Po powrocie z zesłania, od 1867 roku zamieszkał w Warszawie, gdzie nawiązał kontakt z zoologami skupionymi wokół Gabinetu Zoologicznego. Stał się obok braci Aleksandra i Konstantego Branickich jednym z mecenasów tego Gabinetu. Finansował zakupy kolekcji oraz prace badawcze polskich przyrodników prowadzone w różnych częściach świata (m.in. badania Benedykta Dybowskiego na Syberii).
Razem z bratem Janem Tadeuszem Lubomirskim sfinansował pierwsze wydawnictwo Gabinetu Zoologicznego – Wiadomości z Nauk Przyrodzonych.
Od 1867 roku książe Lubomirski zaczął kolekcjonować muszle mięczaków z całego świata, głównie w drodze zakupu w wyspecjalizowanych firmach handlowych. Wiele okazów książę otrzymywał od polskich eksploratorów. W ciągu 15 lat stworzył naukowy zbiór muszli liczący około 8000 gatunków. W wolnych chwilach zajmował się prywatnym ogrodem, w którym aklimatyzował rośliny nadsyłane m.in. przez Dybowskiego z Azji, Jelskiego i Sztolcmana z Ameryki Południowej.
Po śmierci księcia Lubomirskiego kolekcja malakologiczna została przekazana do Polskiego Państwowego Muzeum Przyrodniczego w Warszawie. Antoni Wagner w raporcie z działalności muzeum za lata 1919–1921 napisał: „Dary. Stefan ks. Lubomirski (Kruszyna): wielki zbiór malakologiczny ś.p. Władysława Lubomirskiego, zawierający około 8000, w znacznej części bardzo rzadkich gatunków mięczaków z całego świata, ponad 40000 okazów, umieszczonych w 5 szafach mahoniowych z 130 szufladami.”
Kolekcja malakologiczna Władysława Emanuela Lubomirskiego zachowała się do dzisiaj i jest dostępna w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN.
